Выставочное пространство музея включает две основные части:
«Открытые морские залы. Тихоокеанское время». Города у моря живут в собственном ритме: расставания и встречи, ожидания и возвращения. Время и пространство здесь ощущается иначе. Это рассказ о ритме города, ритме, в котором жили, живут и будут жить несколько поколений. На выставке можно познакомиться с вещами, которые моряки привозили в подарок своим близким: редкий коралл, пудреница начала XX века из Америки, настоящая кинокамера, пластинки, которые было не достать в советском Владивостоке. В подготовке экспозиции оказали помощь моряки и их семьи.
«Владивосток. Время крепости» – совместный проект с музеем-заповедником «Владивостокская крепость». Экспозиция посвящена уникальному фортификационному комплексу и рассказывает о крепости Владивосток и людях, причастных к ее грандиозному строительству. Гости музея могут увидеть предметы вооружения солдат рубежа XIX–XX веков, награды, документы, письма и фотографии из коллекции музея истории Дальнего Востока имени В. К. Арсеньева, а также других российских музеев и архивов. Представленные экспонаты сопровождает видеоинсталляция с показом различных элементов последнего военно-морского фортификационного комплекса Российской империи в их современном состоянии. Выставка предлагает посмотреть на крепость как на часть генетического кода города и узнать, в чем заключалась историческая и геополитическая необходимость постройки этого колоссального сооружения.