Храм Казанской иконы Божией Матери на территории военного кладбища на полуострове Шкота строили четыре года – с 1904-го по 1908-й. Просуществовал он всего 30 лет, а ещё через два десятилетия закрыли и кладбище.
В 1958-м на месте храма построили кинотеатр «Вымпел». А когда в 1990-х здание опустело, его решили передать церкви. В 1999 году начался сбор средств на восстановление храма, осенью здесь уже провели первую Божественную литургию.
В 2002 освятили купол и крест, к этому времени уже завершились работы по отделке и перекрытию крыши. В 2004 году построили колокольню, в 2007-м приступили к росписи богослужебного зала. Московские иконописцы Юрий Захаров, Марина Кашина и Леонид Полетаев взяли за основу сюжеты одного из древних храмов Сербии и расписали потолок в древне-византийском стиле в сербских, греческих и болгарских традициях в три круга. Господь изображён в центре, Матерь Божия над алтарём и архангел Михаил над западной частью храма. На стенах – сюжеты разных праздников в честь Богородицы, а также изображения преподобного Сергия Радонежского, Серафима Саровского и других святых.
В 2012 году построили второй придел в честь святителя Николая Японского. Первое богослужение здесь прошло в праздник Пасхи.
17 августа 2015 года освятили новый мраморный иконостас Казанского храма. Камень привезли из Греции, а над проектом работал заслуженный архитектор России Андрей Анисимов и резчики из его мастерской. Иконы Спасителя, Пресвятой Богородицы, святого Иоанна Кронштадского, архангелов Гавриила и Михаила и другие создала иконописец Марина Кашина.
При храме работает духовно-просветительский центр. В сохранившемся кинозале проходят показы художественных и документальных картин на религиозную тему.